神经官能症的发病原理尚不清楚，一般认为，个体神经系统功能减弱与不健全的性格特征有关，精神刺激与心理打击常常是诱因，与遗传因素也有关系。

虽然神经症与人格特点有关，但也不能称他们为人格障碍，人格障碍是自幼人格发展偏离了正常，找不到正常与异常的分界线。而神经症的出现则明显不同于以往的良好状态，病后主要可表现为烦恼、紧张、焦虑、强迫症状、心情抑郁或分离症状等。神经症与心身疾病的不同之处则在于，它的症状无肯定的器质性病变基础，目前其病理主要有以下两大学说：

1、神经递质学说

认为抑郁症病因为大脑神经递质在神经突触间的浓度相对或绝对不足，导致整体精神活动和心理功能的全面性低下状态。临床观察到抑郁症患者大脑缺少5-羟色胺和去甲肾上腺素，抗抑郁药就是通过抑制神经系统对这两种神经递质的再摄取，使得突触间隙这两种递质浓度增加而发挥抗抑郁作用。

2、神经回路学说

2007年，国际权威科学杂志《自然》发表了中科院上海生科院神经科学研究所客座研究员、美国杜克大学教授冯国平的研究成果，*度揭示了强迫、焦虑和压抑的生理机制，指出“皮质－纹状体－丘脑－皮质回路”出现信息传导不畅是神经症的病理原因，在清华大学出版社《心灵杀毒2.0——弗洛伊德的拼图》中进一步验证了神经回路学说，指出抑郁症是心灵呼吸的哮喘症，并以此原理发明了可部分代替心理医生的有*自助方法，对于解除痛苦避免复发，临床试验*果很好。